COMODO Cleaning Essentials (CCE) представляет собой набор инструментов для очистки зараженных компьютеров. Основным применением CCE является мощный сканер вирусов, шпионского ПО, руткитов и т.п. Он имеет более расширенное сканирование и методы очистки, которые не представлены еще в CIS. Также появился мощный инструмент под названием Killswitch, который предназначен исключительно для специалистов для диагностики всех процессов в компьютере.